1.有机肥养分不均衡，氮磷钾含量偏低，且在土壤中分解较慢，虽然养分种类较多，但比不上养分单一的化肥不能满足作物高产优质的需要。在施用有机肥时应根据作物对养分的要求配施化肥，将有机肥与化肥配合施用，取长补短，发挥各自的优势，在数量和时间上满足作物对各种营养元素的需要。即使生产绿色食品的农田也要配施适量矿物肥，并在作物生长期间配合喷施海精灵（生物刺激剂）优质叶有机肥撒肥机面肥，保证作物营养需求。2.有机肥不宜与碱性肥料混用，以免造成氨的挥发，降低有机肥养分含量。有机肥含有较多的有机物，也不宜与硝态氮肥混用。3.不要过量使用有机肥。过量使用有机肥会导供应有机肥撒肥机致以下情况发生：烧苗、致使土壤中磷、钾等养分大量集聚，造成土壤养分不平衡；土壤中硝酸根离子集聚，致使作物硝酸根盐超标，土壤溶液浓度高，不利于根系吸水。

常用的农家肥,主要是指人粪尿、厩肥、堆肥、沤肥、饼肥、草木灰、石灰、老墙泥等。这些农家肥主要特点是:(1)数量巨大。它在农业生产上起着重要的作用,它的来源广泛,可以就地取材,降低农业生产成本。(2)养分。主要为有机态、如氮素呈蛋白质状态存在,磷素呈植酸、核蛋白和卵磷脂状态存在;有机养分绝大多数不能直接被植物吸收利用,因此,农家肥中的肥效比无机肥料缓慢而时间持久。(3)一般含有较多的有机质。农家肥中的有机质在土壤中被微生物分解腐烂放出二氧化碳和生成有机酸,这样可增强植物二氧化碳营养,又可促使土壤难溶性养分的溶解。(4)能改良土壤。农家肥中的有机质在土壤中经过微生物的作用形成腐殖质,腐殖质能促进土壤团粒结构的形成,使土壤疏松,易于耕作。同时能改善土壤的通透性,有利于土壤微生物的活动,促进土壤养分的分解和结构,增强土壤的保水保肥能力。

随着畜禽养殖总量和养殖场户规模的不断扩大，畜禽粪污的产生量也不断增加。但是如果想完成环保要求，对资金的需求量有很大，养殖业上规模速度快，种植业上规模速度慢。这就导致种养结构失衡，进而导致规模养殖产生的粪污难以实现规模化处理。要按照“以地定畜”的原则，需减则减，需调则调，宜养则养，实现优化布局、转型升级。养殖粪污本身不是污染，不加以利用才会变成污染，但利用好了则会变成非常安全的绿色有机肥，可以替代或减少化肥在种植业中的用量。安徽农业大学动物科技学院教授、省现代生猪产业技术体系首席专家殷宗俊认为，将养殖污染变成有机肥，必须具备以下几个方面：一是适度规模养殖，减少单个养殖场的排污量；二是养殖场要有充足的土地和种植业配套，实施种养结合；三是建立有机肥替代化肥使用的激励机制，推动有机肥在农业生产中的应用。

有机肥料亦称“农家肥料”。凡以有机物质(含有碳元素的化合物) 作为肥料的均称为有机肥料。包括人粪尿、厩肥、堆肥、绿肥、饼肥、沼气肥等。具有种类多、来源广、肥效较长等特点。有机肥料所含的营养元素多呈有机状态，作物难以直接利用，经微生物作用，缓慢释放出多种营养元素，源源不断地将养分供给作物。施用有机肥料能改善土壤结构，协调土壤中的水、肥、气、热，提高土壤肥力和土地生产力。有机肥料是指由动物的排泄物或动植物残体等富含有机质的副产品资源为主要原料,经发酵腐熟后而成的肥料。有机肥有改良土壤、培肥地力、提高土壤养分活力、净化土壤生态环境、保障蔬菜优质高产高效益等特点,是设施蔬菜栽培不可替代的肥料。设施蔬菜栽培常用的有机肥料主要有商品有机肥料和农家肥。