在罗马时代，农民就发现在前作为豆科植物的大田里种植谷类作物时，其产量有所提高，因此，就注意到细菌能增富农业土壤中的营养。直至19世纪，德国的苜蓿种植者和美国的一些大豆种植者，他们利用苜蓿田或大豆田的土壤，转移接种至新的农田，从而使作物产量得到提高。1838年，法国农业化学家布森高（J.B.Boussingault）发现了豆科植物能固定氮。并于1843年建立了第一个农业试验站，对各种轮作制中作物产量和成分进行了较为精确的分析。1886-1888年德国科学家赫尔里格尔（H.Hellriegal）在砂培条件下证明，豆科植物只有形成根瘤菌才能固定大气中的氮。1888年荷兰学者贝叶林克（M.W.Beijerinck）分离了根瘤菌，这是微生物肥料方面的突破。现已明确那是根瘤菌的作用。这些细菌的发现，促使了第一家美国公司纳特尔公司于1898年生产和销售了土壤细菌接种剂。自此以后，就有诸多的细菌制剂用于土壤和农作物种子的拌种和包衣。20世纪20年代，又有一些新的微生物制剂用于大田土壤和农作物，但效果不甚理想。20世纪40年代，美国农业部颁发了生物杀虫剂许可证，至今已有20多种不同的微生物产品为这一目的而使用。1937年，苏联微生物学家克拉西尼科夫和密苏斯金研制了“固氮菌剂”。从而开创了细菌肥料的先河，由于种种原因，这种微生物肥料都先后停止了大规模生产。1940年前后，亚洲研制了一种以蓝细菌（藻类）为主而用于稻田的生物肥料。现其在持续农业中仍然发挥着巨大的作用。不管生物肥料的历史如何，微生物制剂仍继续向前发展。自20世纪80年代开始，人们以极大的精力关注着用于环境和农作物的生物肥料，其原因是这类产品能有效地解决存在的一些问题，特别是无公害和消除环境的污染。因此，要研制出一种既具有肥料功能，又具有消除环境污染的能力，就十分困难。

众所周知，中国占世界耕地的7%，人口占世界人口的22%，7%应对22%，付出的代价则是土壤的过度耗竭。我们更需要健康、肥沃的土壤用于可持续的植物生产，更需要解决畜禽废弃物的资源化利用来保驾动物的可持续生产。面对环境保护、可持续动植物生产加之国家政策的引导，大家的目光更多地汇聚在了商品有机（类）肥料产业，并且坚信它正在成为我们国家的一个新兴肥料产业。中国每年会有6000万吨养分的农业有机废弃物产生，如果全部还田，至少能节省大约50%的化肥，减少化肥使用，增加有机肥料，也源于为降低土壤所承受的压力。我们国家的耕地质量形势不容乐观，土壤养分转化慢、污染物积累、作物土传病害频发成为了影响耕地质量的三大障碍，其中最核心的问题是土壤生物功能在下降。研究发现，调控（根际）土壤微生物区系对作物高产和安全生产能够起到“四两拨千斤”的作用。就是说微生物对培肥土壤、对作物高产的作用不可估量。问题是如何来调控土壤微生物区系，帮助我们同时实现当季作物高产优质、又能持续保育土壤的双重目标。——沈其荣

臭气熏天、污水横流、蚊蝇成群……这是大部分人对畜禽养殖场的印象。但是在安徽省阜阳市颍上县庆丰农牧发供应有机肥撒肥机展有限公司五十里铺村种养基地，却是另一番景象。案例：他们养殖1.5万头生猪，确感觉不到一点异味，经企业人介绍我们得知其中的缘由，他们运用“种养结合、资源循环、生态发展”的现代畜牧业发供应有机肥撒肥机展新模式。猪舍的粪污通过管道排到蓄粪池中，经过干湿分离并发酵后，沼气发电用于猪场用电及饮料加工，粪水则在厌氧池中发酵成沼液肥，再与一定比例的水进行搭配稀释，通过地下管网，为种养基地农田供肥，固体则可直接用于还田或加工成有机肥。

现代农业中,绿色、环保、高效是人们追求的种植目标。而在化工行业飞速发展的今天,许多农民朋友对传统的农家肥认识不高。其实,将化肥与农家肥混合在一起施用,能起到不少好的作用。1农家肥的特点和作用农家肥大多数是指人和动物的排泄物及其他肥料。如人粪尿,猪、牛、羊、马粪尿,禽类粪尿及厩肥、堆肥、沼气肥、熏土、炕土、草木灰等。其特点主要有以下几方面:(1)农家肥的来源比较广泛,成本较低。农家肥基本都是在农村中就地取材,就地积制,因此其来源广且成本低。(2)农家肥所含的养分比较全面,肥效稳定而持久。农家肥料除了含有氮、磷、钾三大营养元素外,还含有钙、镁、硫、铁和各种微量元素以及一些能刺激根系生长的物质以及各种有益土壤微生物。(3)农家肥能够改善土壤结构。农家肥中含有丰富的腐植酸,它能促进土壤团粒结构的形成,使土壤变得松软,改善土壤中的水分和空气条件,利于根系的生长;能增加土壤保肥保水性能,提高地温,还能促进土壤中有益微生物的活动和繁殖等。