1.有机肥养分不均衡，氮磷钾含量偏低，且在土壤中分解较慢，虽然养分种类较多，但比不上养分单一的化肥不能满足作物高产优质的需要。在施用有机肥时应根据作物对养分的要求配施化肥，将有机肥与化肥配合施用，取长补短，发挥各自的优势，在数量和时间上满足作物对各种营养元素的需要。即使生产绿色食品的农田也要配施适量矿物肥，并在作物生长期间配合喷施海精灵（生物刺激剂）优质叶面肥，保证作物营养需求。2.有机肥不宜与碱性肥料混用，以免造成氨的挥发，降低有机肥养分含量。有机肥含有较多的有机物，也不宜与硝态氮肥混用。3.不要过量使用有机肥。过量使用有机肥会导致以下情况发生：烧苗、致使土壤中磷、钾等养分大量集聚，造成土壤养分不平衡；土壤中硝酸根离子集聚，致使作物硝酸根盐超标，土壤溶液浓度高，不利于根系吸水。

堆肥标准的实施对禽畜粪便有机肥企业来讲既是一次调整，同时也是一次提升。一方面种植业对禽畜粪便有机肥的消纳量将决定养殖的规模，超出消纳量的养殖企业根据需要在养殖结构上做出一定调整，禽畜粪便或是供应撒肥车做沼气处理成为能源，或是做有机肥；另一方面，以前有机肥企业都是盲目去做量的发展，只设最低产能下限却没有设置上限。未来商品有机肥产能过剩的企业就需要下调或者将超出的产能通过技术撒肥车厂家直供升级方式制成高端产品，销往其他市场，也可以与当地没有加工技术的养殖场合作共赢。中国农业大学教授也认为，执行标准中要求的源头处理可使有机肥企业简化加工程序，更多投入到技术创新、产品升级上来，将更加利于整个禽畜粪便有机肥行业的发展与壮大。

常用的农家肥,主要是指人粪尿、厩肥、堆肥、沤肥、饼肥、草木灰、石灰、老墙泥等。这些农家肥主要特点是:(1)数量巨大。它在农业生产上起着重要的作用,它的来源广泛,可以就地取材,降低农业生产成本。(2)养分。主要为有机态、如氮素呈蛋白质状态存在,磷素呈植酸、核蛋白和卵磷脂状态存在;有机养分绝大多数不能直接被植物吸收利用,因此,农家肥中的肥效比无机肥料缓慢而时间持久。(3)一般含有较多的有机质。农家肥中的有机质在土壤中被微生物分解腐烂放出二氧化碳和生成有机酸,这样可增强植物二氧化碳营养,又可促使土壤难溶性养分的溶解。(4)能改良土壤。农家肥中的有机质在土壤中经过微生物的作用形成腐殖质,腐殖质能促进土壤团粒结构的形成,使土壤疏松,易于耕作。同时能改善土壤的通透性,有利于土壤微生物的活动,促进土壤养分的分解和结构,增强土壤的保水保肥能力。

在罗马时代，农民就发现在前作为豆科植物的大田里种植谷类作物时，其产量有所提高，因此，就注意到细菌能增富农业土壤中的营养。直至19世纪，德国的苜蓿种植者和美国的一些大豆种植者，他们利用苜蓿田或大豆田的土壤，转移接种至新的农田，从而使作物产量得到提高。1838年，法国农业化学家布森高（J.B.Boussingault）发现了豆科植物能固定氮。并于1843年建立了第一个农业试验站，对各种轮作制中作物产量和成分进行了较为精确的分析。1886-1888年德国科学家赫尔里格尔（H.Hellriegal）在砂培条件下证明，豆科植物只有形成根瘤菌才能固定大气中的氮。1888年荷兰学者贝叶林克（M.W.Beijerinck）分离了根瘤菌，这是微生物肥料方面的突破。现已明确那是根瘤菌的作用。这些细菌的发现，促使了第一家美国公司纳特尔公司于1898年生产和销售了土壤细菌接种剂。自此以后，就有诸多的细菌制剂用于土壤和农作物种子的拌种和包衣。20世纪20年代，又有一些新的微生物制剂用于大田土壤和农作物，但效果不甚理想。20世纪40年代，美国农业部颁发了生物杀虫剂许可证，至今已有20多种不同的微生物产品为这一目的而使用。1937年，苏联微生物学家克拉西尼科夫和密苏斯金研制了“固氮菌剂”。从而开创了细菌肥料的先河，由于种种原因，这种微生物肥料都先后停止了大规模生产。1940年前后，亚洲研制了一种以蓝细菌（藻类）为主而用于稻田的生物肥料。现其在持续农业中仍然发挥着巨大的作用。不管生物肥料的历史如何，微生物制剂仍继续向前发展。自20世纪80年代开始，人们以极大的精力关注着用于环境和农作物的生物肥料，其原因是这类产品能有效地解决存在的一些问题，特别是无公害和消除环境的污染。因此，要研制出一种既具有肥料功能，又具有消除环境污染的能力，就十分困难。