1.有机肥养分不均衡，氮磷钾含量偏低，且在土壤中分解较慢，虽然养分种类较多，但比不上养分单一的化肥不能满足作物高产优质的需要。在施用有机肥时应根据作物对养分的要求配施化肥，将有机肥与化肥配合施用，取长补短，发挥各自的优势，在数量和时间上满足作物对各种营养元素的需要。即使生产绿色食品的农田也要配施适量矿物肥，并在作物生长期间配合喷施海精灵（生物刺激剂）优质叶面肥，保证作物营养需求。2.有机肥不宜与碱性肥料混用，以免造成氨的挥发，降低有机肥养分含量。有机肥含有较多的有机物，也不宜与硝态氮肥混用。3.不要过量使用有机肥。过量使用有机肥会导致以下情况发生：烧苗、致使土壤中磷、钾等养分大量集聚，造成土壤养分不平衡；土壤中硝酸根离子集聚，致使作物硝酸根盐超标，土壤溶液浓度高，不利于根系吸水。

据不完全统计，近年来中国登记注册的有机肥企业数量已经超过了3000家，并还在大幅增长，其中用禽畜粪便做有机肥的厂家成为最大的增长极。中国禽畜粪便有机肥已然进入了快速爆发期，其最大的拉动力就在于政策支持。2016年农业部发布《关于推进农业废弃物资源化利用试点的方案》，2016年国务院发布《土壤污染防治行动计划》，2017年农业部印发《开展果菜茶有机肥替代化肥行动方案》，均提出鼓励农民增施有机肥，对畜禽规模养殖集中区鼓励农作物种植与禽畜粪便综合利用相结合。此后，全国上下随即掀起一波利用禽畜粪便生产有机肥的热潮。有机肥的风口在政策推动下，越聚越大。据悉，目前农业部正在编制禽畜粪便堆肥标准，现已开始征集意见，该标准不仅将对堆肥过程和产品做出细致要求，更指出了禽畜粪便生产有机肥的政策方向：种养结合。中国农业大学资源与环境学院教授参与了该标准的制定，他坦言，规模养殖正在加快发展，但养殖与种植分离成两个主体，养殖的不种地，种地的不养殖，客观上阻隔了粪污还田的通道。他认为，种养结合模式有望成为禽畜粪便有机肥行业未来的发展方向，而正在征求意见的禽畜粪便堆肥标准正是体现了对种养结合的鼓励。农业部微生物肥料质检中心主任李俊对种养结合也颇为认同，他认为，随着养殖业规模化，未来中国应该对粪污采取规范、统一的治理技术及其配套工程。

由于农业的现代化水平越来越高，有机食品越来越受到了人们的重视。随之重视的便是生态农业。因为只有生态的农业才能生产出生态的食品。在这一方面，无论是从国家政策支持的力度上，还是在实际的行动中，国家供应大型撒粪机都对此投入大量的支持。现在我们所了解的有机肥的广泛应用就是一个最好的说明。可以说，有机肥以后将逐渐取代其他的肥料，而成为农作物生长中的一个必备的肥料。在有机肥的生产方面，得到了很多专家的大力支持。同时在设备上，也得到了国家的大力支持。很多地方都有有机肥生产的专门的设备和生产专线，以便能够生产出更好的有机肥。在政策支持上，很供应大型撒粪机多地方政府更是给了很多帮助。尤其在利用废弃物、处理一些废弃的生活用品方面得到了大力的支持，因为这样做一方面不仅处理了生活垃圾，减少了环境污染，而且另一方面也变废物为宝贝，生产出了有价值的有机肥。在很多地方，这都是一个非常好的举措，所以，很多地方政府都会对有机肥的生产和使用给予大力的支持，甚至还从经济上进行一定不补贴，以鼓励人们使用有机肥。可以说，正是有机肥的广泛使用，才能使得我们的农业逐步的开始向无公害农业转变，才能使得让更多的有机食品、水果、蔬菜走向我们的餐桌。

常用的农家肥,主要是指人粪尿、厩肥、堆肥、沤肥、饼肥、草木灰、石灰、老墙泥等。这些农家肥主要特点是:(1)数量巨大。它在农业生产上起着重要的作用,它的来源广泛,可以就地取材,降低农业生产成本。(2)养分。主要为有机态、如氮素呈蛋白质状态存在,磷素呈植酸、核蛋白和卵磷脂状态存在;有机养分绝大多数不能直接被植物吸收利用,因此,农家肥中的肥效比无机肥料缓慢而时间持久。(3)一般含有较多的有机质。农家肥中的有机质在土壤中被微生物分解腐烂放出二氧化碳和生成有机酸,这样可增强植物二氧化碳营养,又可促使土壤难溶性养分的溶解。(4)能改良土壤。农家肥中的有机质在土壤中经过微生物的作用形成腐殖质,腐殖质能促进土壤团粒结构的形成,使土壤疏松,易于耕作。同时能改善土壤的通透性,有利于土壤微生物的活动,促进土壤养分的分解和结构,增强土壤的保水保肥能力。

厩肥也叫圈肥、栏肥。是牛粪、马粪、猪粪、羊粪、禽粪和各种垫圈材料（草、土、秸秆等）等经过堆积发酵腐熟而成，是有机肥的一种。厩肥肥效持久均衡，可改善土壤结构，提高土壤肥力，它既能改善土壤物理性和化学性生物活性，又能使土壤中水、肥、气达到协调，特别是对发展有机农业、绿色农业和无公害农业有着重要意义。 厩肥抛撒机是一种以拖拉机为动力，把发酵后的厩肥（包括堆肥）进行抛撒还田的新型农机具。该机利用拖拉机后动力输出，带动车厢内部的输送链自动把肥料向后输送、然后通过高速旋转的破碎轮对肥料进行打碎、均匀抛撒还田。该机在短时间内可抛撒所装载的肥料，输送链速度也可以根据肥料的量和硬度进行调节，适用于各种类型的农牧场、种植场。

在罗马时代，农民就发现在前作为豆科植物的大田里种植谷类作物时，其产量有所提高，因此，就注意到细菌能增富农业土壤中的营养。直至19世纪，德国的苜蓿种植者和美国的一些大豆种植者，他们利用苜蓿田或大豆田的土壤，转移接种至新的农田，从而使作物产量得到提高。1838年，法国农业化学家布森高（J.B.Boussingault）发现了豆科植物能固定氮。并于1843年建立了第一个农业试验站，对各种轮作制中作物产量和成分进行了较为精确的分析。1886-1888年德国科学家赫尔里格尔（H.Hellriegal）在砂培条件下证明，豆科植物只有形成根瘤菌才能固定大气中的氮。1888年荷兰学者贝叶林克（M.W.Beijerinck）分离了根瘤菌，这是微生物肥料方面的突破。现已明确那是根瘤菌的作用。这些细菌的发现，促使了第一家美国公司纳特尔公司于1898年生产和销售了土壤细菌接种剂。自此以后，就有诸多的细菌制剂用于土壤和农作物种子的拌种和包衣。20世纪20年代，又有一些新的微生物制剂用于大田土壤和农作物，但效果不甚理想。20世纪40年代，美国农业部颁发了生物杀虫剂许可证，至今已有20多种不同的微生物产品为这一目的而使用。1937年，苏联微生物学家克拉西尼科夫和密苏斯金研制了“固氮菌剂”。从而开创了细菌肥料的先河，由于种种原因，这种微生物肥料都先后停止了大规模生产。1940年前后，亚洲研制了一种以蓝细菌（藻类）为主而用于稻田的生物肥料。现其在持续农业中仍然发挥着巨大的作用。不管生物肥料的历史如何，微生物制剂仍继续向前发展。自20世纪80年代开始，人们以极大的精力关注着用于环境和农作物的生物肥料，其原因是这类产品能有效地解决存在的一些问题，特别是无公害和消除环境的污染。因此，要研制出一种既具有肥料功能，又具有消除环境污染的能力，就十分困难。